Pobyt vo väzení

Od 15. januára 1951 do 5. októbra 1963 žil biskup Ján vo väzniciach v Ilave, Valdiciach, Leopoldove, Pankráci. Počas týchto pobytov trpel zdravotnými problémami ako chronická gastritída, chronický reumatizmus, mal herniu (prietrž) a hypertrofiu prostaty. Lekári ďalej zistili systolický šelest, edémy (opuchy) oboch končatín, obojstranný varikózny komplex a iné ochorenia. Vážil iba 57 kg. Vo výkone trestu sa stal častým terčom ponižovania dozorcov a niektorých spoluväzňov. Opäť musel zakúsiť bitku, hlad, nedostatok spánku, nočné budenia. V leopoldovskej väznici chodili dozorcovia biskupa Vojtaššáka do jeho cely provokovať a týrať. Zažíval výsmech zo svojej biskupskej hodnosti. Musel nosiť metlu namiesto biskupskej berly a pritom ho bili obuškami.